Nicolás Mollinedo Bastar se encuentra en el ojo del huracán luego de que investigaciones de medios destacados como DW, ProPublica e InSight Crime señalaran presuntos vínculos entre el narcotráfico y la campaña presidencial de Andrés Manuel López Obrador en 2006, donde se menciona a Mollinedo como receptor de fondos ilícitos.
Según testimonios de un testigo protegido de la DEA, Mollinedo Bastar habría sido el intermediario en la recepción de 2 millones de dólares por parte de grupos del narcotráfico, durante una reunión con personas cercanas a «La Barbie», del Cártel de Sinaloa. Este testimonio incluye grabaciones donde se mencionaría a Mollinedo y a Mauricio Soto Caballero, miembro del equipo de López Obrador en ese entonces, discutiendo sobre su participación en el esquema.
Ante estas acusaciones, Mollinedo Bastar ha negado rotundamente su implicación, argumentando que tales afirmaciones son falsas y atentan contra su integridad. Asegura no haberse reunido con personas mencionadas en las investigaciones ni con integrantes del crimen organizado, y sostiene que el dinero no formaba parte de sus responsabilidades como encargado de logística.
En una entrevista, Mollinedo afirmó que desconocía el tema hasta ser contactado para hacer aclaraciones, y refutó las acusaciones, defendiendo también a Soto Caballero de recibir fondos ilícitos. Respecto a las declaraciones de la periodista Anabel Hernández, mencionó que ella lo entrevistó en 2022 sin tocar este tema específico. Niega haber estado en el restaurante mencionado en las investigaciones y muestra escepticismo sobre la existencia de las grabaciones.
Aunque Mollinedo descarta presentar una demanda, califica las acusaciones como una «avalancha contra el presidente», sugiriendo que se busque a otras personas. Estas acusaciones destacan la complejidad política y la sensibilidad en torno a la campaña presidencial de López Obrador, mientras las autoridades estadounidenses descartan la evidencia como insuficiente para una operación encubierta.