En medio de la controversia que rodea el caso Ayotzinapa, organizaciones civiles han expresado su indignación por la decisión de permitir que el general del Ejército mexicano, Rafael Hernández Nieto, enfrente su proceso judicial en prisión domiciliaria. Acusado de presunta delincuencia organizada en relación con la desaparición de los 43 estudiantes de Ayotzinapa en 2014, el general ha recibido críticas por recibir lo que consideran un «tratamiento preferencial».
El Centro de Derechos Humanos Miguel Agustín Pro Juárez (Centro Prodh), Fundar, Serapaz y el Centro de Derechos Humanos de la Montaña Tlachinollan han emitido un pronunciamiento conjunto, acusando a la Juez Segundo de Distrito de mostrar un «innegable sesgo a favor del Ejército» al otorgar este beneficio al acusado. Las organizaciones destacan que esta situación es inusual en casos de delincuencia organizada y la atribuyen a la «identidad militar del acusado» y al «enorme poder» de las Fuerzas Armadas en la actualidad.
Las asociaciones también señalaron que el nombre del general Hernández Nieto aparece en mensajes de texto intercambiados por narcotraficantes relacionados con la desaparición de los estudiantes, insinuando una connivencia constante con la delincuencia organizada. Además, resaltaron que esta no es la primera vez que el general recibe un trato preferencial, recordando que en 2022 fue acusado de delincuencia organizada y su orden de aprehensión fue suspendida de manera cuestionable.
La controversia se intensifica después de la partida del Grupo Interdisciplinario de Expertos Independientes (GIEI) en julio, quienes acusaron a las Fuerzas Armadas de obstaculizar la investigación. Aunque el presidente Andrés Manuel López Obrador ha negado proteger al Ejército y ha enfatizado las detenciones realizadas, las organizaciones no gubernamentales insisten en que la detención domiciliaria del general Hernández Nieto es un símbolo más de la impunidad que prevalece en el país.
La Comisión para la Verdad y Acceso a la Justicia concluyó previamente que la desaparición de los 43 estudiantes fue un «crimen de Estado» con la participación de diversas autoridades, incluyendo miembros de las Fuerzas Armadas. Esta última controversia agrega un nuevo capítulo a la búsqueda de justicia y verdad en este caso emblemático que ha resonado a nivel nacional e internacional.